Cláudia Ninhos é doutorada em História, área de especialização em História Contemporânea, pela Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade NOVA de Lisboa, instituição onde concluiu também a licenciatura e o Mestrado. É investigadora integrada do Instituto de História Contemporânea da NOVA FCSH, tendo vindo a especializar-se na história das relações luso-alemãs, do Nacional-Socialismo e do Holocausto.
Participou, como investigadora, nos projetos «The Power of Science. German Science in Portugal (1933-45)», financiado pela FCT, e «Os Trabalhadores Forçados Portugueses no III Reich», financiado pela Fundação EVZ e pelo Goethe Institut. Desde julho de 2017, é Vogal do Conselho de Administração da Fundação Aristides de Sousa Mendes.
É formadora acreditada pelo Conselho Científico-Pedagógico da Formação Contínua da Universidade do Minho e tem colaborando regularmente com a Associação de Professores de História em ações de formação. Coeditou o livro A Angústia da Influência. Política, Cultura e Ciência nas relações da Alemanha com a Europa do Sul,1933-1945 (Frankfurt am Main, Peter Lang, 2014) e o volume Nazi Germany and Southern Europe (New York, Palgrave, 2015). É coautora do livro Salazar, Portugal e o Holocausto e autora do livro Portugal e os Nazis (A Esfera dos Livros, 2017). A sua tese de doutoramento foi galardoada com o Prémio Victor de Sá de História Contemporânea 2017. Publicou na Imprensa Nacional O Essencial sobre Aristides de Sousa Mendes e, juntamente com Ansgar Schaefer, António Carvalho, Cristina Clímaco e Fernando Rosas o livro O Essencial sobre os portugueses no sistema concentracionário do III Reich.